Todos os documentos e processos protocolizados pelo Portal do Gestor são criados no setor PROTOCOLO DIGITAL. É responsabilidade da DIEP fazer a tramitação deles para o setor responsável, porém alguns processos e documentos já possuem um fluxo inicial definido e o sistema realiza a tramitação automaticamente.
| Tipo | Subcategoria | Tramitado Automaticamente para |
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| Processo | Balancete, Nomeação, Concurso, Aposentadoria, Reforma, Pensão | - DEA (para os exercícios antes de 2017)
- Setor da Auditoria onde se localiza o processo de acompanhamento do seu respectivo exercício e jurisdicionado (para os exercícios de 2017 em diante)
| | Processo | Licitação, Contrato, Aditivo | - DEA (para os exercícios antes de 2017)
- Arquivo Digital (para os exercícios de 2017 em diante)
| | Documento | Aditivo | | | Processo | Ordem de Serviço | | | RREO, RGF, LOA, LDO, PPA | - DEA (para os exercícios antes de 2017)
- Setor da Auditoria onde se localiza o processo de acompanhamento do seu respectivo exercício e jurisdicionado (para os exercícios de 2017 em diante)
| | Documento | Licitação, Contrato, Aditivo | - DEA (para os exercícios antes de 2017)
- Arquivo Digital (para os exercícios de 2017 em diante)
| | Documento | Solicitação Alteração do SAGRES | | | Documento | Requerimento do Ministério Público | |
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