Todos os documentos e processos protocolizados pelo Portal do Gestor são criados no setor PROTOCOLO DIGITAL. É responsabilidade da DIEP fazer a tramitação deles para o setor responsável, porém alguns processos e documentos já possuem um fluxo inicial definido e o sistema realiza a tramitação automaticamente.
| Tipo | Subcategoria | Tramitado Automaticamente para |
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| Processo | Balancete, Nomeação, Concurso, Aposentadoria, Reforma, Pensão, Licitação, Contrato, Aditivo, Ordem de Serviço | - DEA (para os exercícios antes de 2017)
- Setor da Auditoria onde se localiza o processo de acompanhamento do seu respectivo exercício e jurisdicionado (para os exercícios de 2017 em diante)
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| Processo | Licitação | - Arquivo Digital (licitação com risco insignificante, baixo ou moderado)
- Setor da Auditoria onde se localiza o processo de acompanhamento do seu respectivo exercício e jurisdicionado (licitação com risco alto ou altíssimo do exercício de 2017 em diante)
- DEA (licitação com risco alto ou altíssimo para os exercícios antes de 2017)
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| Processo | Concurso | - DEA (o concurso esteja fora do prazo de validade)
- Setor da Auditoria onde se localiza o processo de acompanhamento do seu respectivo exercício e jurisdicionado (o concurso esteja dentro do prazo de validade)
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| Processo | Nomeação | - Setor onde se encontra o processo de concurso respectivo (quando o concurso ainda não tiver sido analisado pela auditoria). Ocorre a anexação automática
- DEA (quando o concurso já tiver sido analisado pela auditoria e não esteja mais dentro do prazo de validade)
- Setor da Auditoria onde se localiza o processo de acompanhamento do seu respectivo exercício e jurisdicionado (quando o concurso já tiver sido analisado pela auditoria e esteja ainda dentro do prazo de validade)
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| Documento | RREO, RGF, LOA, LDO, PPA | - DEA (para os exercícios antes de 2017)
- Setor da Auditoria onde se localiza o processo de acompanhamento do seu respectivo exercício e jurisdicionado (para os exercícios de 2017 em diante)
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| Documento | Licitação | - Arquivo Digital (licitação com risco insignificante, baixo ou moderado)
- Setor da Auditoria onde se localiza o processo de acompanhamento do seu respectivo exercício e jurisdicionado (licitação com risco alto ou altíssimo do exercício de 2017 em diante)
- DEA (licitação com risco alto ou altíssimo para os exercícios antes de 2017)
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| Documento | Contrato, Aditivo | - DEA (para os exercícios antes de 2017)
- Arquivo Digital (para os exercícios de 2017 em diante)
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| Documento | Solicitação Alteração do SAGRES | |
| Documento | Requerimento do Ministério Público | |