Resposta
Você pode enviar licitações, contratos e aditivos a qualquer tempo, porém, como se encontra já fora do prazo, o sistema irá marcar no recibo de protocolo que os dados foram encaminhados desrespeitando os prazos regulamentares. Lembro que as multas não são geradas de forma automática e que no momento oportuno você poderá se defender.