Resposta
Primeiramente a cessão contratual deve estar prevista no edital. Caso isso tenha ocorrido, não há necessidade de informar no sistema, haja vista que o contrato com a Administração Pública permanece com a vencedora do certame assim como os empenhos. Portanto, não há necessidade de mudança no procedimento, basta cadastrar o contrato no nome da vencedora independentemente da existência ou não de cessão contratual.