Resposta
O envio de dados de pagamentos é responsabilidade da contabilidade do jurisdicionado. Portanto não é atribuição do responsável técnico por obras.
A informação da obra deve refletir sua realidade e independe de como o contador está informando os pagamentos. Cadastre, acompanhe e finalize a obra normalmente, espelhando os fatos ocorridos e sem se preocupar quando os pagamentos serão inseridos.